SDS PAGE 也就是十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳，是生物实验室最常用的蛋白分离技术，核心原理是 SDS 给蛋白带上负电荷，消除蛋白本身原有电荷差异，让蛋白迁移速率主要由分子量大小决定，这项技术优点是操作成熟成本低，可以快速分离蛋白并且估算蛋白分子量，同时也存在明显短板，它只能按分子量分离，不能保留蛋白天然构象，糖蛋白膜蛋白还有多聚体蛋白经常会出现迁移异常，很多学生做实验的时候容易只记住它可以测分子量，忽略 SDS PAGE 本身的局限性，选择实验方案的时候，如果目标是研究蛋白天然结构活性，就不适合使用 SDS PAGE，它属于变性电泳，样品在上样前需要煮沸加还原剂，蛋白的高级结构会被破坏，实验结果只反映亚基分子量，不是完整天然蛋白的分子量，这个是理解 SDS PAGE 优缺点最关键的一点。
优点详细说明
1 原理稳定重复性好，全世界实验室都有成熟操作方案，试剂容易采购，仪器只需要电泳槽和电源，不需要昂贵大型设备
2 可以估算蛋白亚基分子量，配合 Marker 标准蛋白，通过迁移距离计算蛋白亚基分子量，是蛋白鉴定最基础手段
3 分辨率高，根据目标蛋白大小选择合适浓度分离胶，分子量接近的蛋白也可以分开，适合蛋白纯度检测
4 兼容性强，跑完胶之后可以继续做后续实验，比如考马斯亮蓝染色银染，还可以转膜做 Western blot
5 样品需求量小，微克级别蛋白样品就可以得到清晰条带，适合珍贵样品检测
缺点详细说明
1 属于变性电泳，样品经过 SDS 和还原剂处理，蛋白天然构象二硫键都会被打开，蛋白活性完全丧失，不能用来检测蛋白活性
2 只按亚基分子量分离，如果蛋白是多聚体，SDS PAGE 看到的是各个亚基，看不到天然状态下完整多聚体分子量
3 部分特殊蛋白迁移偏离标准曲线，糖蛋白高度疏水的膜蛋白，结合 SDS 的比例和普通蛋白不一样，估算出来的分子量误差偏大
4 不能分离等电点相关性质，蛋白本身等电点信息在 SDS PAGE 里面被 SDS 掩盖，想要分析等电点需要搭配等电聚焦
5 操作影响因素多，凝胶聚合质量电泳电压温度缓冲液 pH，任何一项出错都会出现条带拖尾歪带微笑带
6 不能直接定量，染色只能半定量，想要精准定量需要搭配灰度分析，误差相对比较大
优缺点对照表格
| 类别 | 项目 | 具体内容 |
|---|---|---|
| 优点 | 设备成本 | 设备简单试剂便宜 |
| 优点 | 核心功能 | 分离蛋白估算亚基分子量 |
| 优点 | 后续拓展 | 可染色可转膜做 WB |
| 缺点 | 样品状态 | 变性破坏蛋白天然结构 |
| 缺点 | 误差问题 | 糖蛋白膜蛋白分子量估算偏差 |
| 缺点 | 定量能力 | 仅半定量，无法精准定量 |
补充实验相关要点
做 SDS PAGE 的时候，如果需要保留蛋白二硫键，可以不加 β 巯基乙醇或者 DTT，但是 SDS 依然会破坏蛋白三级结构，只是保留二硫键，依旧不属于天然电泳，非变性电泳 Native PAGE 才可以保留蛋白天然构象，这点经常混淆，SDS PAGE 适合纯度鉴定亚基分子量测定 WB 前处理，不适合酶活测定天然复合物分析。
【常见问题】
问题 1 SDS PAGE 能不能用来测定天然蛋白的真实分子量
回答 1 SDS PAGE 不能测定天然蛋白真实分子量，SDS PAGE 是变性电泳，测出的是蛋白亚基分子量，天然多聚体蛋白经过 SDS PAGE 之后会解聚，结果和天然状态分子量不一样
问题 2 SDS PAGE 相比 Native PAGE 最大缺点是什么
回答 1 SDS PAGE 最大缺点是会变性破坏蛋白天然构象，Native PAGE 可以保留蛋白天然结构，SDS PAGE 无法实现这个效果，所以研究蛋白活性不能选择 SDS PAGE
问题 3 为什么糖蛋白在 SDS PAGE 里面分子量估算不准
回答 1 糖蛋白结合 SDS 的量和普通蛋白不同，迁移行为偏离标准曲线，所以 SDS PAGE 估算糖蛋白分子量会存在明显误差，这是 SDS PAGE 本身的缺点
问题 4 SDS PAGE 的优点里面是否支持后续 Western blot 实验
回答 1 SDS PAGE 具备这个优点，SDS PAGE 跑完凝胶之后可以转膜，是 Western blot 最常用的前处理电泳方式，这也是 SDS PAGE 广泛使用的重要原因
【免责申明】
本内容为生物实验 SDS PAGE 原理学习参考，不同实验体系凝胶配方和实验条件存在差异，实验结论以实际操作和文献标准为准，本内容不作为实验方案唯一依据。