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1、基因甲基化的检测方法主要有以下几种：甲基化特异性的PCR(Methylation-specific PCR，MSP)用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变；随后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。

2、通过电泳检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能得到扩增片段，则说明该位点存在甲基化；反之，说明被检测的位点不存在甲基化。

3、2、亚硫酸氢盐测序法(Bisulfite sequencing PCR，BSP)用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，则未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变。

4、随后设计BSP引物进行PCR，在扩增过程中尿嘧啶全部转化为胸腺嘧啶，最后对PCR产物进行测序就可以判断CpG位点是否发生甲基化称为BSP-直接测序方法。

5、将PCR产物克隆至载体后进行测序，可以提高测序成功率，这种方法称为BSP-克隆测序法。

6、3、甲基化敏感扩增多态性(Methylation-Sensitive Amplified Polymorphism,MSAP)MSAP是利用对DNA甲基化敏感的两种同裂酶Hpa II和Msp I来对基因组DNA进行酶切和连接。

7、由于两种酶能够识别相同的限制性酶切位点，即CCGG位点。

8、当DNA序列中的CCGG位点出现不同程度的甲基化状态时，会分别被这两种酶识别，以有无产物的方式体现出来。

9、4、焦磷酸测序(Pyrosequencing)通过准确定量单个连续的CpG 位点上的甲基化频率，焦磷酸测序能检测并定量甲基化水平上的细微改变。

10、在序列延伸过程中，根据C和T的掺入量来定量确定单个位点的C-T比例。

11、因此，不同位点的甲基化变异就能被准确检测。

12、由于焦磷酸测序提供了真实的序列数据，甲基化状态也就以序列形式呈现。

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